El Río San Juan en su origen se conoció como “El Desaguadero” cuando conquistadores y colonizadores Españoles lo descubrieron en 1525. Dada su importancia del río que se conectaba a través del Lago de Nicaragua y otros ríos con el Mar Caribe, los conquistadores españoles fundaron San Carlos, iniciando un comercio con las provincias de La Habana, Cartagena de Indias y otras regiones insulares. Piratas y filibusteros atacaron y saquearon San Carlos.